Выйдя из виртуальности однажды, можно попытаться выйти из неё и снова. Самый первый выход уже сеет сомнения. Место, где сомнения минимальны, — это собственно сама Матрица. Зион уже менее стабилен, там любому могут прийти в голову странные подозрения.

Можно было бы попробовать предположить, что Матрица обладает меньшей детальностью моделирования (по диалогам героев, как в фильме, так и в сценарии, повсюду разбросаны намёки на то, что человек в Матрице подсознательно ощущает своё бытие неполноценным, как будто чувствуя виртуальность окружающего). Возможно, Зион смоделирован плотнее, просто эта процедура дорога в плане ресурсов, поэтому её применяют лишь для беженцев.