А мне кажется, этот эпизод вполне логичным.
То, что пойманную куноичи насилуют - вполне в рамках сеттинга. То, что ГГ пытается ее спасти, когда появляется возможность - тоже. И то, что она, не в состоянии сражаться в полную силу, получает смертельные раны, тоже логично.

Имхо, автор, когда писал эту сцену, представлял просто этот бой, а не "сюжетные непрерывности" разные :)