Для меня абсолютно логично выглядит следующая картина: Войну Клонов начали ситхи. С этим никто не спорит, это невозможно отрицать при деятельном участии адептов Тьмы на стороне врага. Известно, что есть еще один ситх, не менее опасный. Традиционно с ситхами справляются джедаи - это скажет любой историк. Поэтому логично заключить, что Ордену были выданы полномочия искать и арестовать означенного ситха. Так что рыцари были в своем праве, и это подтверждается тем, что Палпатин ни разу не говорит о том, что рыцари действуют не по закону - а он-то должен знать, кому какие полномочия давались. Да и арестовывает Винду именем Сената.